Trong lịch sử hào hùng, Yên Tử vẫn là một trong những trung tâm Phật giáo của toàn quốc, gắn với nhiều kiến trúc cổ, được xây dựng qua các thời kỳ lịch sử hào hùng không giống nhau (Lý, Trần, Lê, Nguyễn).
Di tích lịch sử hào hùng và danh lam thắng cảnh Yên Tử nối sát với tên tuổi Phật hoàng Trần Nhân Tông (1258 – 1308), vị vua từng lãnh đạo quân dân thời Trần hai lần đánh thắng quân Nguyên – Mông, rồi từ bỏ ngai vàng, lên Yên Tử tu hành, sáng lập ra Thiền phái Trúc Lâm đậm sắc tố Việt.
Về địa lý, Yên Tử là dãy núi thấp, thuộc mạng lưới hệ thống cánh cung Đông Triều, một vùng địa chất được tạo ra từ kỷ Đệ tứ, với nhiều chủng loại đá gốc, như sa thạch, sỏi kết sạn và phù sa cổ… Địa hình, địa chất phức tạp của nơi đã xây cất nên các điểm phong cảnh kỳ vĩ, như thác Ngự Dội, thác Vàng, thác Bạc, cổng Trời, đường Tùng, rừng trúc, đỉnh núi Yên Tử…, nơi xuất hiện những kiến trúc truyền thống như thả mình vào tự nhiên hùng vĩ.
Khu vực Yên Tử xuất hiện tổng quy hoạch tự nhiên khoảng 2686ha, trong đó xuất hiện 1736ha rừng tự nhiên, đặc trưng cho hệ sinh vật rừng Đông Bắc, nơi còn bảo tồn được nhiều nguồn gen động, thực vật quý hiếm… Xen kẽ với tự nhiên là mạng lưới hệ thống chùa, am, tháp… Ven lối dẫn lên các chùa, am, tháp thường trồng thật nhiều tùng. Trong nơi này hiện còn khoảng hơn 200 cây tùng đại thụ, thuộc 4 nhóm quý hiếm, được trồng cách đó khoảng 700 năm. Ngoài đường tùng cổ thụ, rừng trúc ở đó cũng nổi tiếng từ ngàn xưa… Trúc là thành phầm độc đáo và khác biệt của Yên Tử, tượng trưng cho sức sống dẻo dai, vẻ đẹp thanh bạch và thanh nhã của tạo hóa. Có lẽ rằng, đó cũng là nguyên nhân mà Trần Nhân Tông đã chọn ở đây để tu hành và lấy tên “rừng Trúc”, tức Trúc Lâm, để gọi là cho dòng Thiền do ông sáng lập.
Khu vực Yên Tử tất cả một số trong những khu vực và kiến trúc Phật giáo chính như
Chùa Bí Thượng
Chùa Bí Thượng xưa được khởi dựng từ thời Hậu Lê, trên mặt nền kiến trúc hình chữ Nhất, từng được trùng tu, tôn tạo nhiều lần trong lịch sử hào hùng. Trong thời kỳ kháng chiến chống Pháp, chùa bị phá hủy trọn vẹn. Năm 1993, chùa được dựng lại trên mặt nền kiến trúc hình chữ Đinh, quay phía Tây Nam, hệ khung bằng bê tông, tường xây gạch, mái lợp ngói Tây. Tiền đường gồm ba gian, hai chái nối với ba gian hậu cung. Hai dãy tả vu, hữu vu mỗi bên 9 gian, kiến trúc đơn giản và giản dị, thờ Thập bát La Hán. Nhà tổ ở phía sau chùa chính, được dựng trên mặt nền hình chữ Nhất, gồm năm gian, mái lợp ngói mũi hài, hai đầu hồi bít đốc, vì kèo nóc kiểu giá chiêng chồng rường con nhị.
Chùa Suối Tắm
Được dựng dưới chân núi, sát bên bờ suối Tắm, bố cục tổng quan mặt phẳng kiến trúc dạng chữ Đinh, gồm ba gian hai chái bái đường và một gian hậu cung, mái lợp ngói mũi hài, xuất hiện đầu đao ở bốn góc mái trang trí hình mây cuộn và rồng, trên bờ nóc trang trí hình rồng. Kiến trúc nhà tổ được sắp xếp trên mặt nền hình chữ Nhất, gồm ba gian hai chái, mái lợp ngói mũi hài, đầu đao bốn mái. Hai dãy Tả vu, Hữu vu mỗi bên xuất hiện mái lợp ngói mũi hài, đầu đao ở bốn góc mái trang trí hoa văn mây xoắn.
Chùa Cầm Thực
Nằm về bên trái tuyến đường vào Yên Tử. Chùa cũ được dựng từ thời Trần, bố cục tổng quan mặt phẳng kiến trúc kiểu chữ Nhất, gồm 6 gian, nay chỉ với nền móng. Dựa vào những dấu tích còn sót lại, chùa (mới) đã được xây dựng lại vào năm 1993, gồm các hạng mục: chùa chính, nhà Mẫu và các dự án công trình phụ trợ. Chùa chính xuất hiện bố cục tổng quan mặt phẳng kiến trúc kiểu chữ Đinh, gồm ba gian, hai chái, mái lợp ngói vẩy. Nhà Mẫu xuất hiện bố cục tổng quan mặt phẳng kiến trúc kiểu chữ Nhất, gồm ba gian, tường hồi bít đốc, mái lợp ngói vẩy.
Chùa Lân
Chùa Lân xưa được dựng từ thời Trần. Đây vốn là một ngôi chùa lớn, với những dự án công trình đồ sộ nhưng đã biết thành hủy hoại theo thời hạn, nay chỉ còn sót lại một vài dấu tích trên mặt đất. Năm 2002, Chùa Lân (Thiền viện Trúc Lâm Yên Tử) đã được xây dựng lại, gồm các hạng mục chính điện, nhà tổ, lầu trống, lầu chuông, tam quan, nhà trưng bày, nhà khách hàng, nhà tăng, nhà ni… Chính điện được xây theo khối vuông, chồng diêm hai tầng tám mái, lợp ngói vẩy. Nhà tổ ở phía sau chính điện, cao hơn nữa tòa chính điện.
Chùa Giải Oan
Chùa Giải Oan xưa được dựng vào thời Trần. Trải qua thời hạn và thăng trầm của lịch sử hào hùng, chùa đã biết thành xuống cấp trầm trọng nghiêm trọng. Năm 1994, nhân dân công đức xây dựng lại chùa, gồm các hạng mục: chùa chính, nhà Mẫu, nhà tổ, nhà tu lễ, nhà bếp và một số trong những dự án công trình khác. Chùa chính được dựng trên mặt nền kiến trúc kiểu chữ Đinh, gồm ba gian, hai chái tiền đường và một gian hậu cung. Nhà Mẫu nằm bên cạnh phải chùa chính, dựng trên mặt phẳng kiến trúc kiểu chữ Đinh, gồm ba gian, hai chái bái đường và một gian hậu cung. Nhà tổ nằm bên cạnh trái chùa chính, dựng trên mặt phẳng kiến trúc kiểu chữ Nhất, gồm ba gian, mái lợp ngói vẩy, đầu kìm nóc đắp nổi hình rồng.
Cụm tháp Hòn Ngọc
Cụm tháp Hòn Ngọc nằm trên một gò đất khá rộng, bằng vận, gồm ba tháp đá và một tháp gạch. Các tháp đá được làm bằng đá tạc gạo, một tầng, do các phiến đá được tạo mộng ghép lại với nhau. Bệ tháp làm theo phong cách thót ở giữa, giật cấp ra hai bên. Một mặt thân tháp xuất hiện cửa vòm, bên trong đặt bát hương và bài vị. Mái tháp đua ra so với thân tháp, bốn diềm mái cong. Trên đỉnh tháp đặt một bình nước cam lồ.
Vườn tháp Huệ Quang (trung tâm tháp Tổ)
Vườn tháp Huệ Quang nay chỉ với 64 ngọn tháp và mộ, trong đó xuất hiện 40 tháp mới được trùng tu năm 2002, 11 tháp đá, 13 tháp gạch, một số trong những ngôi tháp đã biết thành đổ chỉ còn sót lại dấu tích. Tháp Tổ Trần Nhân Tông hay còn gọi là Tháp Huệ Quang mặt phẳng rộng khoảng 180m2, cao 10m, với 6 tầng, được ghép từ các phiến đá xanh, để ở vị trí trung tâm của vườn tháp. Sân tháp hình vuông vắn, xuất hiện tường bao xung quanh. Nền tháp xòe rộng, hình lục lăng, mặt ngoài chạm nổi hình sóng nước. Tầng bệ tháp tạc đài sen 102 cánh, chạm nổi trang trí hoa dây. Trong lòng tầng 2 của tháp đặt tượng Phật hoàng Trần Nhân Tông, cao 62cm, bằng vật liệu đá cẩm thạch, trong tư thế một nhà sư ngồi thiền định, mình khoác áo cà sa hở ngực phải, các nếp áo chảy tràn ra mặt bệ tượng.
Chùa Hoa Yên
Chùa Hoa Yên được dựng từ thời Lý và được tôn tạo nhiều lần trong lịch sử hào hùng. Chùa tọa lạc trên lưng chừng núi, quay phía Tây Nam, gồm có những hạng mục: chùa chính, nhà tổ, tả vu, hữu vu, nhà khách hàng, nhà ni, nhà bếp và một số trong những dự án công trình phụ trợ khác. Chùa chính xuất hiện nền kiến trúc kiểu chữ Công, vì kèo kết cấu, theo thức thượng giá chiêng chồng rường, hạ bẩy. Nhà tổ xuất hiện mặt phẳng kiến trúc kiểu chữ Nhất, gồm ba gian, hai chái, mái lợp ngói mũi hài kép. Hai dãy tả vu, hữu vu kiến trúc giống nhau, dạng hai tầng tám mái. Nhà khách hàng gồm một gian, hai chái, tường hồi bít đốc, mái lợp ngói mũi hài.
Am Thiền Định
Am Thiền Định xưa vốn là một ngôi tháp cổ đặc biệt quan trọng ở Yên Tử, đứng đơn lẻ một mình, phía sau chùa Hoa Yên. Tháp xây bằng gạch đỏ tráng males xanh, mặt phẳng đúc nổi nhiều hoa văn và mặt thú lạ. Am Thiền Định nay chỉ còn sót lại dấu vết của nền móng cũ.
Chùa Một mái
Chùa Một mái nằm nép mình bên sườn núi cao. Một nửa chùa ẩn sâu trong grasp núi, nửa còn sót lại phô ra bên phía ngoài và chỉ mất một mái. Không gian trong chùa rất hẹp. Kiến trúc chùa được làm được làm bằng gỗ, mái lợp ngói ta. Xung xung quanh là mạng lưới hệ thống ván bưng, xuất hiện hai hành lang cửa số chấn music, được sắp xếp ở giữa để tạo độ thoáng cho khuôn viên bên trong.
Am Thung, Am Dược
Am Thung và Am Dược lúc bấy giờ chỉ với là các phế tích. Dấu vết kiến trúc còn sót lại đã cho chúng ta biết, các am này được xây bằng đá tạc. Am Dược xuất hiện mặt phẳng kiến trúc hình chữ Đinh, gồm ba gian chính điện và một gian hậu cung. Am Thung xuất hiện nền kiến trúc gồm ba gian bái đường và một gian hậu cung.
Chùa Bảo Sái
Chùa Bảo Sái nằm trên sườn núi, quay phía Tây Nam. Chùa chính xuất hiện mặt phẳng kiến trúc kiểu chữ Đinh, gồm ba gian, hai chái bái đường và một gian hậu cung. Nhà tổ xuất hiện mặt phẳng kiến trúc dạng chữ Nhất, gồm ba gian, thấp hơn so với chùa chính khoảng 1m, mái lợp ngói vẩy.
Chùa Vân Tiêu
Chùa Vân Tiêu toạ lạc trên sườn núi. Hai bên chùa xuất hiện 2 dãy núi cao, tạo thành thế tay ngai ôm siết lấy chùa. Bên phải chùa xuất hiện một dòng suối. Các hạng mục kiến trúc chính của chùa gồm: chùa chính, thiêu hương, nhà tăng, nhà bếp và một số trong những dự án công trình phụ trợ khác. Chùa chính xuất hiện mặt phẳng kiến trúc kiểu chữ Đinh, gồm ba gian, hai chái.
Chùa Đồng
Chùa Đồng nằm trên đỉnh điểm nhất của núi Yên Tử, được đúc từ vật liệu đồng. Mặt phẳng kiến trúc của chùa dạng chữ Nhất, kết cấu vững chãi, được đặt trên sập đồng, dạng chân quỳ, dạ cá. Dáng chùa như một bông hoa sen nở, ngự trên sập đồng. Chùa quay phía Tây Nam, diện tích quy hoạnh khoảng 20m2, độ cao từ mặt nền đến mái là 3,35m. Chùa được làm thành khối vuông bốn mái, lợp ngói mũi hài, bờ nóc và bờ giải không trang trí, hai đầu bờ nóc cùng bốn đầu đao là hình đầu rồng./.
